नई कम्प्यूटेशनल विधि और औषधि खोज की प्रक्रिया / New Computational Method and Drug Discovery Process

जर्नल ऑफ केमिकल थ्योरी एंड कम्प्यूटेशन में प्रकाशित यह ओपन-सोर्स सॉफ्टवेयर मानक विधियों में आम कृत्रिम विकृतियों के बिना संभावित दवाओं के अपने प्रोटीन लक्ष्यों से अलग होने के तरीके की भविष्यवाणी करके कंप्यूटर-सहायता प्राप्त दवा खोज (सीएडीडी) के लिए एक अभूतपूर्व उपलब्धि प्रदान करता है।
नई दवाइयों के विकास में किसी दवा के अणु का अपने लक्ष्य प्रोटीन से जुड़े रहने का समय (रेजिडेंस टाइम) समझना, केवल बंधन क्षमता से कहीं अधिक महत्वपूर्ण होता है। हालांकि, दवा के प्रोटीन पॉकेट से अलग होने की प्रक्रिया (दवा का प्रोटीन पॉकेट से निकलना) का अनुकरण करना कम्प्यूटेशन की दृष्टि से बहुत महंगा होता है। ये दुर्लभ घटनाएं मिलीसेकंड से लेकर सेकंड तक के समय पैमाने पर घटित होती हैं, जिन्हें मानक क्लासिकल मॉलिक्यूलर डायनामिक्स (एमडी) सिमुलेशन का उपयोग करके, यहां तक ​​कि सबसे शक्तिशाली सुपरकंप्यूटरों से भी, एक्‍सेस करना चुनौतीपूर्ण या असंभव है।
विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) के एक स्वायत्त संस्थान कोलकाता स्थित एसएन बोस नेशनल सेंटर फॉर बेसिक साइंसेज के शोधकर्ताओं ने पैथजेनी नामक एल्गोरिदम बनाया है, जो अणु को गतिमान करने के लिए मजबूर करने के बजाय, सूक्ष्म पैमाने पर प्राकृतिक चयन की नकल करता है।

Published in the Journal of Chemical Theory and Computation, this open-source software provides a breakthrough for computer-aided drug discovery (CADD) by predicting how potential drugs detach from their protein targets without the artificial distortions common in standard methods.
In the development of new drugs, understanding the residence time of a drug molecule bound to its target protein is far more important than just the binding affinity. However, simulating the process of a drug detaching from its protein pocket (drug unbinding) is computationally very expensive. These rare events occur on timescales ranging from milliseconds to seconds, which are challenging or impossible to access using standard classical molecular dynamics (MD) simulations, even with the most powerful supercomputers.
Researchers at the S.N. Bose National Centre for Basic Sciences, Kolkata, an autonomous institute under the Department of Science and Technology (DST), have created an algorithm called PathGennie, which, instead of forcing the molecule to move, mimics natural selection at the microscopic scale.